臭氧發生器是一種強氧化劑，而且還有一個特性就是很活躍，容易和空氣的氧原子結合生成氧氣，邊產生邊還原，消毒徹底無殘留無死角無二次污染，消毒期間人不能處在該區域中，長期處在有臭氧的環境對人體有傷害，臭氧分解的時間一般為30-60分鐘，消毒30-60分鐘后方可入室工作。
紫外線燈管消毒期間人也不可以長時間留在該區域中，因為紫外線對皮膚對眼睛都會造成一定程度的傷害。紫外線燈管相對臭氧殺菌效果并不徹底，照射不到的地方基本上無法滅菌，且需要的時間較長。
兩者在一定的程度上是可以相互代替，但有寫地方不太適合，如家用的飲用水可以用臭氧來殺菌，而就不能用紫外線來殺菌，而要是對臥室的空氣進行消毒的話，兩個是可以相互代替工作使用的。
紫外線燈照射消毒的主要問題在于：穿透能力弱，在紫外線照射不到的地方，消毒效果不好，其殺菌能力隨著使用時間的增加而減小。一張紙、一層布都會擋住射線，而且存在死角，滅菌作用隨菌種的不同而產生很大的差異，如殺霉菌的照射量要比殺桿菌增加40~50倍。同時，濕度對滅菌效果影響也很大。另，紫外線燈管壽命短，更換過于頻繁，運行費用高，性能不夠穩定。
臭氧為氣體消毒劑，可殺滅細菌繁殖體和芽孢、病毒、真菌等，并可破壞肉毒桿菌素,殺菌能力強。廣譜性適合多種致病微生物，對大腸桿菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌及甲乙型肝炎病毒、真菌等多種微生物均有很好的殺滅作用。
應用臭氧滅菌是利用臭氧取之于自然，作用后又自行還原于自然，快速自然分解為氧的特性，經濟安全、無二次污染。臭氧滅菌是一種常溫滅菌，能完全解決許多不能耐高溫物品的消毒問題。
